MarvinSketch可以快速的通过用户界面的基本功能和高级功能，如分子骨架延展，自定义快捷键，缩写基团，默认模板与用户自定义模板，上下文关联的弹出菜单等，绘制分子结构。MarvinSketch和文中提到的MolConverter都是ChemAxon为用户免费提供的工具。
JChem for Office在Microsoft Office环境中集成了化学结构可视化及处理，数据分析和报告功能。不仅可以在Excel，Word，PowerPoint文档甚至Outlook电子邮件中直接编辑、处理化学结构，还可以对化学结构进行检索和分析。
ChemAxon开发的Calculator Plugins提供了快速的、精确的、可通过训练集优化的基础理化性质（如logP, logD, pKa等）的计算和预测功能。
Markush结构广泛用于在组合化学库和定义大的化学结构空间。ChemAxon提供先进的Markush技术，包括在Markush结构空间进行快速结构检索，化学结构枚举，化合物库重叠分析，自动Markush解析。
JChem Base是开发具有化学结构的存储、检索功能的应用程序的工具。它可以处理分子结构，反应式，聚合物，Markush和提问化学结构等数据内容。
Chemxon提供强大的化学名称转化引擎Naming，能够将化学/生物化学结构和名称进行相互转化。除了能够识别IUPAC和传统名称，它还能识别通用名和CAS注册编号。通过用户自定义的字典或者网络服务，它还能将企业化合物ID号或者相应的文本转化成化学结构。同时支持英文，中文和日文。
专业的化学结构标准化工具
Reactor是ChemAxon JChem技术中的支持广义反应方程式的虚拟反应枚举引擎，它结合了反应规则，可以生成化学意义上可能的产物，而不需预先选定试剂。
